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Pathogènes opportunistes émergents au cours de la mucoviscidose : relation entre souches cliniques et environnementales d’Achromobacter et de Stenotrophomonas maltophilia et diversité dans l’environnement domestique. Désignation abrégée de l'étude : PatH

Dernière mise à jour 30.09.2021 à 11h33

Axe de recherche : Infection Délégation territoriale : Midi-Pyrénées Domaine de recherche : Recherche clinique

Porteur du projet : Chloé Dupont

Université de Montpellier, Faculté des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques - UMR Hydroscience Montpellier, Equipe "Pathogènes Hydriques, Santé, Environnements"

Contexte : 
Ces dernières années, les infections associées à la mucoviscidose (CF) ont changé avec l’apparition de nouveaux agents infectieux, notamment Achromobacter (Ax) et Stenotrophomonas maltophilia (Sm). Chaque patient semble héberger ses propres souches d’Ax et Sm, ce qui indique qu’il ne se contamine pas à partir d’autres patients mais à partir de l’environnement. 
L’environnement des patients est peu étudié. Il en résulte un manque de connaissances sur les réservoirs et la transmission de ces bactéries alors que des recommandations contraignantes sur l’entretien du domicile sont données aux familles.
Lors de notre précédente étude, nous avons observé Sm, Ax, Pseudomonas aeruginosa et des mycobactéries atypiques dans 87 à 100% des domiciles. L’objectif est d’explorer ces bactéries chez un plus grand nombre de patients et dans leurs domiciles respectifs afin de comparer les souches de chaque patient aux souches de son environnement domestique pour révéler de possibles transmissions environnement-patient et/ou inversement. Nous espérons ainsi pouvoir proposer des mesures d’hygiène et d’entretien des domiciles argumentés par la recherche.

Objectifs :
L’objectif est de comparer les bactéries isolées de l’environnement domestique et des voies respiratoires de patients pour évaluer la transmission entre l’environnement et le patient (ou inversement). Cette étude inclura 10 à 15 patients colonisés par Ax ou Sm, dont 2 enfants de 2 ans actuellement suivis tous les 4 à 6 mois. Un échantillon d’expectoration sera analysé pour chaque patient (deux si le patient présente un état exacerbé au cours de l’étude). Une campagne de prélèvements sera menée au même moment au domicile du patient en ciblant particulièrement les zones humides et l’eau pour rechercher Ax, Sm, le bacille pyocyanique et les mycobactéries atypiques, à l’état libre ou présents dans des organismes hydriques comme les amibes. Les réservoirs domestiques et les liens entre ces réservoirs et les patients seront caractérisés. L’étude de ces pathogènes opportunistes donnera des indications sur d’éventuelles transmissions environnement-patient et inversement. Ces travaux permettront de proposer des recommandations basées sur les résultats acquis pour une meilleure gestion du risque infectieux environnemental au domicile au cours de la mucoviscidose.

Perspectives :
Les nombreuses perspectives peuvent être regroupées en 3 catégories principales :
- Elargir cette étude aux patients d’autres CRCM et patients colonisés par d’autres pathogènes. Ceci pourrait permettre d’analyser des groupes cas/témoin pour obtenir des résultats robustes sur certaines questions précises, comme l’impact des désinfectants ou des fréquences d’entretien sur les réservoirs de bactéries aux domiciles ainsi que les transmissions environnement - patient. 
- Apporter des réponses scientifiques afin de répondre aux questions des patients et de leurs familles dans le cadre de la réécriture par le groupe RhyM des recommandations à destination des patients pour limiter l’exposition domestique. Un questionnaire sur le mode de vie et l’exposition à l’eau en dehors de la maison pourra être proposé aux patients de tous les CRCM de France.
- Conduire d’autres analyses sur la collection d’échantillons et de souches qui sera unique dans le cadre d’études approfondies visant à mieux comprendre les mécanismes mis en jeu dans les relations hôte/environnement/agents infectieux dans la mucoviscidose.

Résultats obtenus :
Neuf campagnes de prélèvements ont été effectuées aux domiciles de 6 patients montrant une colonisation massive de l’environnement domestique par les bactéries ciblées. Ax, Sm et des mycobactéries ont été identifiés dans 100% des domiciles et le bacille pyocyanique dans 83% de ceux-ci (5/6). Sm et Ax ont majoritairement été isolés des siphons de cuisines et de salles de bain et le bacille pyocyanique des siphons et des lave-linges. Des souches cliniques et environnementales identiques ont été identifiées pour 3 patients : 
- Ax et une mycobactérie, ayant colonisé une patiente après emménagement dans son nouveau domicile, ont été isolés à partir du siphon et de l’eau du lavabo, suggérant une contamination par aérosolisation et/ou contact direct lors du lavage de dents par exemple. Ax a ensuite persisté dans les voies respiratoires de la patiente.
- Sm a été identifié dans l’expectoration d’un nourrisson et dans le siphon de sa cuisine, suggérant une potentielle contamination par le biais d’objets relais comme les biberons.
- le bacille pyocyanique ayant colonisé une fois un patient a été isolé de plusieurs points d’eaux de son domicile à 5 et 10 ans d’intervalle.