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Biomarqueurs de la colonisation précoce à Pseudomonas aeruginosa chez les enfants atteints de mucoviscidose (étude BEACH)

Dernière mise à jour 30.09.2021 à 11h35

Axe de recherche : Infection Délégation territoriale : Côtes d'Armor-Finistère Domaine de recherche : Recherche clinique

Porteur du projet : Geneviève Hery-Arnaud

Faculté de médecine de Brest / CHRU de Brest - UMR1078 "Génétique, Génomique fonctionnelle et Biotechnologies"

Contexte : 
L'infection par le bacille pyocyanique (également appelé Pseudomonas aeruginosa ou "pyo") reste la cause principale de mortalité chez les malades de la mucoviscidose. Bien que les dernières années aient vu des développements très intéressants pour améliorer la détection de ce pathogène et son traitement, on sait que un tiers des enfants sera infecté par cette bactérie avant l'âge de 2 ans avec des conséquences potentiellement délétères sur la fonction respiratoire si le diagnostic de l'infection est posé trop tardivement.
On sait également que plus la colonisation par cette bactérie est détectée tôt, meilleures seront les chances de l'éradiquer. Les données récentes chez le sujet sain montre qu'il existe naturellement une flore microbienne dans les poumons et que ces bactéries naturelles de l'Homme jouent des rôles essentiels pour la bonne santé pulmonaire.Avec notre équipe, nous avons pu montrer qu'une bactérie appelée Porphyromonas était trouvée en quantité plus grande chez les patients muco qui ne font pas d'infection à pyo. A l'inverse, nous avons montré que lorsque la quantité de Porphyromonas diminue, les patients sont plus à risque de se coloniser à pyo.

Objectifs :
Nous avons mis au point une méthode originale de dosage de cette bactérie. Nous avons montré dans une étude pilote (sur un petit nombre d'enfants, n=25) que cette bactérie colonisait très tôt les poumons des bébés atteints de mucoviscidose et que chez les enfants qui attrapaient le pyo, la quantité de Porphyromonas avait beaucoup diminué (de cent fois) voire avait disparu.
Nous faisons donc l'hypothèse que le dosage de Porphyromonas dans les poumons mais également dans l'intestin pourrait identifier les patients plus à risque de s'infecter par le pyo.
Nous allons vérifier si cette bactérie se trouve aussi dans l'intestin et si sa quantité intestinale peut aussi prédire la colonisation à pyo.
Nous souhaitons aussi trouver d'autres bactéries d'intérêt ("bonnes bactéries") dans la flore digestive et pulmonaire. Ce projet va permettre de constituer une collection de prélèvements très précieux car rares qui sera très intéressante pour des recherches futures.
Nous prévoyons de valider l'intérêt de Porphyromonas en répliquant notre étude pilote sur une étude de plus grande ampleur (plus d'enfants venant de différentes villes).

Perspectives :
Nous allons ouvrir les 2 derniers centres et continuer à surveiller les inclusions et accompagner les centres.
Nous allons entamer les analyses métagénomiques et génétiques.

Résultats obtenus :
Nous avons mis en place la formation harmonieuse des kinésithérapeutes participant à l'étude pour la réalisation de l'expectoration induite qui est un geste très technique.
Nous avons été dans 9 centres en France pour présenter l'étude aux équipes et aider à sa mise en place. A ce jour, 12 bébés ont été inclus dans le protocole BEACH et sont suivis et prélevés régulièrement.
Nous avons aussi travaillé à harmoniser les pratiques de laboratoire pour qu'ils soient capables de prendre en charge des prélèvements avec de si petits volumes.
Nous avons fait les mises au point pour l'analyse du microbiote.
Nous avons fait la revue de la littérature et publié un article mettant en évidence le grand intérêt de Porphyromonas dans les poumons. Nous avions au préalable déposé un brevet sur son application dans la mucoviscidose.