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Evaluation de l'analyse épidémiologique par MLVA (multiple-locus VNTR analysis) des isolats de Burkholderia multivorans dans la mucoviscidose

Dernière mise à jour 09.08.2019 à 11h46

Axe de recherche : Infection Délégation territoriale : Midi-Pyrénées

Porteur du projet : Hélène GUET-REVILLET
CHU de Toulouse - Service de Bactériologie-Hygiène hospitalière

Contexte : 
Les colonisations respiratoires par les bactéries du complexe Burkholderia cepacia (Bcc) sont redoutées dans la mucoviscidose en raison de leur impact clinique (dégradation de la fonction respiratoire, voire évolution foudroyante: syndrome cepacia, complications septiques lors de la transplantation pulmonaire) et de leur capacité à diffuser sous forme d'épidémies. Une surveillance épidémiologique de ces infections a été mise en place en France en 1993, sous la responsabilité de l'Observatoire cepacia (financé par Vaincre la Mucoviscidose), qui analyse et compare les souches de Bcc infectant les voies respiratoires des patients. Cette surveillance a montré que les deux principales espèces du Bcc isolées en France étaient Burkholderia cenocepacia et Burkholderia multivorans, dont certaines souches ont été responsables d'épidémies, essentiellement dans les années 1990-2000, mais aussi plus récemment avec la diffusion d'une souche de B. multivorans dans les années 2010.

Objectifs :
L'objectif du projet est de terminer le développement d’un schéma MLVA pour les souches appartenant à l'espèce Burkholderia multivorans, espèce désormais la plus fréquente, de manière à disposer d'un même outil de caractérisation pour les 2 principales espèces du Bcc impliquées dans la mucoviscidose en France. Les performances de la technique seront évaluées, et les résultats obtenus confrontés avec les données épidémiologiques dont dispose l'Observatoire cepacia.

Perspectives :
Le but des travaux à venir est de définir, à partir des 15 marqueurs candidats retenus à ce jour, l’association de marqueurs la plus performante pour distinguer les souches de Burkholderia multivorans les unes des autres. Afin que des souches de Burkholderia multivorans du monde entier puissent être comparées les unes aux autres, les résultats que nous aurons obtenus au cours de ce travail seront déposés sur une base de données publique sur un site internet dédié à la technique de MLVA. Au fil du temps, cette base de données sera complétée par les résultats obtenus pour des souches isolées chez des patients atteints de mucoviscidose suivis en France ou dans d’autres pays. Elle permettra de suivre et mieux comprendre la circulation des souches de Burkholderia multivorans. Les résultats préalablement obtenus pour B. cenocepacia seront déposés simultanément, afin de disposer des données MLVA pour les deux espèces principales isolées dans la mucoviscidose.

Résultats obtenus : 
Avec l’aide de l’équipe de Christine Pourcel, Gilles Vergnaud et David Christiany, une analyse bio-informatique a permis d’identifier 16 marqueurs candidats répondant aux critères de sélection que nous avions au préalable définis. Des résultats très satisfaisants ont été obtenus pour 5 des marqueurs. Pour 10 autres marqueurs, les résultats étaient encourageants et une optimisation individuelle est actuellement en cours. Après finalisation de l’évaluation de ces marqueurs sur une sélection de 25 souches test de B. multivorans, les performances des marqueurs en termes de répétabilité, reproductibilité et pouvoir discriminant seront déterminées sur un panel plus large de souches. En collaboration avec l’équipe associée, les résultats obtenus seront confrontés avec ceux observés avec d’autres techniques de comparaison de souches.