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Marqueurs de dysbiose pulmonaire associés à l’exacerbation chez les patients atteints de mucoviscidose

Dernière mise à jour 13.07.2017 à 12h35

Axe de recherche : Infection Délégation territoriale : Isère

Porteur du projet : Boubou CAMARA
Clinique Universitaire de Pneumologie

Contexte :
La mucoviscidose affecte actuellement près de 6500 patients en France. Aujourd’hui  53.7 % des patients sont adultes [10]. Les avancées thérapeutiques et l’organisation de la prise en charge au sein des CRCM ont permis une amélioration globale. Les thérapies protéiques qui ont marqué cette progression ne ciblent que certaines mutations et ne concernent que peu de patients. La morbidité, la mortalité et le coût social de la mucoviscidose restent encore considérable [10]. Les exacerbations modulent fortement le pronostic de la maladie [11]. Les modifications des interactions microbiote-hôte ou dysbiose jouent un rôle majeur dans l’évolution de la mucoviscidose. La plupart des études sur la dysbiose se focalisent sur le microbiote bactérien, alors que les autres microorganismes fongiques et viraux représentent un cofacteur important dans la dégradation de la fonction respiratoire. Notre but est d’objectiver des marqueurs de dysbiose pulmonaire bactérienne, fongique et virale associés à la survenue d’exacerbation chez les patients atteints de mucoviscidose.

Objectifs :
La mucoviscidose est une maladie  respiratoire chronique dont les exacerbations modulent fortement le pronostic. Les modifications des interactions microbiote-hôte ou dysbiose jouent un rôle majeur dans l’évolution de la mucoviscidose. Notre objectif principal est d’identifier des marqueurs de dysbiose pulmonaire (bactérienne, fongique et virale) associés à la survenue d’exacerbation chez les patients atteints de mucoviscidose. Pour cela nous suivrons prospectivement une cohorte de patients suivis pour mucoviscidose en colligeant les données cliniques et microbiologiques sur différents prélèvements [condensat d’air exhalé (CAE), expectorations et sérum]. Nous évaluerons le lien entre une augmentation de marqueurs inflammatoires sériques, la survenue d'exacerbations et la fonction respiratoire ainsi que l'impact des traitements administrés lors des exacerbations sur le microbiome pulmonaire en particulier sur les modifications de l’abondance relative et de la diversité  différents taxa bactériens, fongiques et viraux. Nous allons comparer deux types de prélèvements pour évaluer le microbiome pulmonaire (CAE et l’expectoration).

Perspectives :
La principale perspective est le traitement de l’exacerbation pulmonaire en amont, via les modifications de diversité du microbiome qui aboutira à des bénéfices en termes, de réduction du handicap respiratoire et amélioration de la qualité de la vie et l’insertion socioprofessionnelle des malades par un diagnostic précoce et une prise en charge adaptée. Bénéfice également en termes de santé publique avec une réduction des hospitalisations, réduction des cures systématiques et des traitements empiriques associés. Meilleur compréhension de la physiopathologie ce qui pourrait amener à réduire significativement les traitements souvent empirique dans un processus qui ne relève souvent que l’inflammation.